1 травня 1576 року новим королем Речі Посполитої було проголошено Стефана Баторія. Посівши трон, Баторій дав урочисте зобовязання укласти угоду з Оттоманською Імперією і кримським ханом, убезпечити Польську державу, приєднати до Литви всі землі, захоплені московськими царями. Головною перешкодою для виконання цих задумів було «козацьке свавілля». Тож Баторій вирішив приборкати лицарів степу, але швидко виявилося, що без козаків уряд Речі Посполитої обійтися не може. Уже наступного року орда знову почала грабувати українські земні, і король звелів Ружинському вирушити проти Туреччини. Козацький ватажок відрядив 3000 вояків на Чорне море, а сам із рештою війська перейшов Орську лінію, дістався Дону, звідти рушив на Кубань, а потім вогнем і мечем поставив на коліна всю Анатолію і подався до Босфора, де на нього мали чекати раніше відряджені козаки. Козацьке військо перепливло Дунай між Варною і Сілістрією, вийшло в Молдову, розгромило місто Кілію й повернулося до України.
Починаючи саме з нього козацькі ватажки почали ділитися на реєстрових і січових, хоча цей поділ часто виявлявся суто умовним.
До реєстру входило шість тисяч козаків, ще 20 тисяч вважалися «сторожовими». Козацька старшина складалася з обозного, судді, писаря, двох генеральних осавулів, генерального бунчужного, хорунжого, полковників, сотників і отаманів. Було також утворено трибунал і суди, у власність козацького війська відійшло місто Трахтемирів.
От тільки помиритися з кримським ханом Баторію не судилося, і в 1576 році військо Ружинського знову «навідалося в гості» до татар. Козаки оточили Іслам-Кермен — міцну фортецю, мури якої могли витримати тривалу облогу. Щоб зруйнувати мур, гетьман звелів зробитипідкоп і закласти порохову міну. На жать, міна вибухнула передчасно. Багато запорожців було скалічено, а сам Богдан Ружинський загинув.
С. Васильківський. «Козак у степу. Тривожні ознаки»
Незважаючи на це, козаки продовжували визнавати власні традиції і закони, а запорозький Низ, як і раніше, лишався місцем, де знаходили притулок знедолені. До того ж, військо гетьмана Ружинського швидко розібралося в причинах подічу на реєстрову і нереєстрову частини. Король бажав, щоб із часом козаками залишилися тільки особи, внесені до реєстру, інших же вояків чекала доля кріпаків. Це викликало загальне невдоволення, яке Баторій угамовував дрібними по-ступками. Король своїм коштом збудував нову гетьманську резиденцію — місто Батурин, підняв престиж військової старшини, сформувавши таким чином козацьку верхівку, відірвану від простого народу і віддану гетьманам.
